Malaria, il genoma svela resistenze che la clinica non vede

Il parassita accumula resistenze multiple e a raccontarlo è il suo genoma, non i pazienti.

La malaria resta una delle infezioni più letali dell'Africa subsahariana e l'Etiopia, per anni citata come esempio di riduzione dei casi, ha visto la curva risalire dalla fine del 2022. Dietro il ritorno dei contagi pesano fattori climatici, la diffusione di zanzare invasive e la perdita di affidabilità di alcuni test diagnostici rapidi.

Il trattamento di riferimento nel Paese è la combinazione di artemetere e lumefantrina, adottata nel 2004 e ancora oggi prima linea terapeutica contro le infezioni da Plasmodium falciparum. Sulla stessa associazione poggia buona parte dei programmi di controllo del continente, insieme a diverse terapie di nuova generazione.

Quando un antimalarico comincia a perdere colpi, il segnale classico arriva dai reparti. I medici osservano pazienti in cui i parassiti spariscono dal sangue più lentamente del previsto, e la conta al terzo giorno di terapia diventa il parametro che accende l'allarme. È un metodo solido, ma richiede che il problema sia già clinicamente visibile.

Il limite sta nei tempi. Una mutazione può circolare per anni prima di tradursi in un numero sufficiente di trattamenti inefficaci, e nel frattempo si diffonde. Da qui l'interesse per un approccio che non aspetta il paziente e va a cercare le tracce direttamente nel DNA del parassita.

Quando l'allarme arriva prima dei sintomi

Esistono geni che funzionano come registratori della pressione farmacologica subita. Pfk13 conserva le varianti legate alla resistenza parziale all'artemisinina, Pfcrt e Pfmdr1 quelle associate alla clorochina e alla sensibilità alla lumefantrina, mentre Pfdhfr e Pfdhps portano il ricordo dei vecchi antifolici ritirati vent'anni fa.

Su questi bersagli si è concentrato un gruppo guidato dall'Armauer Hansen Research Institute di Addis Abeba insieme alla London School of Hygiene and Tropical Medicine, che ha sequenziato 605 isolati raccolti tra ottobre 2019 e gennaio 2023 in 15 distretti etiopi molto diversi per intensità di trasmissione. I risultati sono usciti su Nature Microbiology.

Il farmaco che colpisce il bersaglio sbagliato

Il marcatore R622I, validato dall'OMS come indicatore di resistenza parziale all'artemisinina, compare nel 10% dei campioni e sfiora la metà degli isolati nell'area di Gondar. Accanto a questo, l'aplotipo PfMDR1 NFSND risulta presente nel 93% dei casi e la variante di Pfcrt legata alla clorochina supera il 61%, con punte di fissazione completa in singoli distretti.

A cambiare la lettura è però la compresenza: nello stesso parassita le mutazioni tendono a viaggiare insieme. Gli autori collegano la coincidenza al fatto che la clorochina, abbandonata contro falciparum, resta prima linea contro Plasmodium vivax, e dove le due specie convivono continua a esercitare una selezione indiretta sul parassita che non dovrebbe più colpire.